Resekcję wierzchołka korzenia przeprowadza się, gdy nie ma sposobności powtórzenia leczenia kanałowego lub gdy zmiany okołowierzchołkowe mu nie uległy. Leczy on rozwinięty stan zapalny, którego symptomami mogą być dokuczliwe bóle, natężone podczas nagryzania. Towarzyszy im obrzęk polika, obecność uwypukleń na dziąśle oraz czasami nawet gorączka. Dochodzi do zapalenia poprzez reakcję organizmu na bakterie, znajdujące się w kanale korzeniowym. Resekcja precyzyjnie oczyszcza kanał, poprzez zlikwidowanie jego uszkodzonej części.
Chirurg stomatologiczny w pierwszej części podaje znieczulenie miejscowe, dzięki czemu zabieg jest zupełnie bezbolesny. Dyskomfort i lekkie bóle występują dopiero z czasem, ze względu na gojenie się rany, powstałej w rezultacie otwarcia tkanki miękkiej w pobliżu korzenia. Pozwala to na odsłonięcie kości i zlikwidowanie zakażonej lub zapalnie zmienionej tkanki, razem z wierzchołkiem korzenia. Następnie dla uszczelnienia, kanał uzupełnia się przeznaczonym do tego cementem (MTA). Pozostałe ubytki kostne, uzupełnia się biomateriałem. Na koniec chirurg stomatologiczny powleka to miejsce specjalną membraną. Po operacji zalecane jest używanie zimnych okładów oraz spożywanie chłodnych posiłków i napojów, najlepiej o rzadkiej konsystencji, aby nie wywołać krwawienia. Należy się również stosować do zaleceń i brać wszystkie leki w zapisanych przez stomatologa dawkach.